人神魔共存的时代，本来庇护人类的善神和恶神联手夹击人类，人类由一位持有轩辕剑的侠士领导了一支抗魔军，最后轩辕剑侠和善恶神同归于尽。从此，人类活在妖魔的阴影之中。十六年后，主角燕赤霞——也就是轩辕剑侠之子，经过一番历练之后，开始调查善恶神夹击人类的原因。