网络系统发达都市：Den City(电庭市)。那里由大企业SOL技术公司(SOLテクノロジー社)创造的高度网络技术构筑出被称为LINK VRAINS(连接境智网(虚拟实境人工智能网络系统)的VR空间，人们为那VR空间中全新的决斗体验而狂热。

连接境智网出现了通过决斗发起网络入侵的神秘黑客集团汉诺骑士(ハノイの骑士)。他们的目标就是使据说存在于网络某处的属于AI们的世界 = 电子界(サイバース)走向灭亡。

可是跟那场连接境智网面临的威胁进行对抗的还有1名决斗者。他的名字是“Playmaker(Playmaker/组织核心)”。以压倒性的决斗击倒汉诺骑士并一句话也不说就离去后，他的名字就此在网络世界一举成名。

那位“Playmaker”的真正身份高中生藤木游作为了调查过去发生的事件真相，追踪着在境智网出没的汉诺骑士。就在日日夜夜跟汉诺骑士展开的激斗之中，游作成功地捕获了SOL技术公司和汉诺骑士都在追寻的神秘AI程序。同时以此事为契机，命运的齿轮开始了大幅度转动……

神秘AI的真面目。盯上电子界的汉诺骑士的真意。以及游作的过去所隐藏的真相——全部的答案，就在连接境智网之中。