ゲーム会社「マキナビジョン」の社長、ジョニー・マキシマが、仮面ライダー風魔と忍者プレイヤーたちを使って、新たなバグスターウィルスを撒き散らした! 「マキナビジョン」の幹部・南雲影成がゲームプレイヤーに選んだのは難病で余命いくばくもない少女・まどか。新型ウィルスに感染した人々はみな 昏睡状態に陥り、仮想現実の世界で、現実とは異なる時間を過ごしていた。鏡飛彩や花家大我、さらにはバグスターであるポッピーまでが感染する中、まどかは仮想現実の世界で、元気に駆けまわる。「マキナビジョン」の目論見通りの結果が、そこに表れていた。永夢は黎斗やパラドの協力を得ながら、現実世界で患者たちの意識を取り戻させるべく、仮想現実の世界へ飛び込む。そこには貴利矢の姿もあった。「マキナビジョン」がまどかをプレイヤーに選んだ理由と真の目的は何か。やがてエグゼイドたち仮面ライダーの前に出現する、最強にして最後の敵。果たして永夢は、そして若き医師たちは、究極のゲームをクリアし、患者たちの運命を変えることができるのだろうか?