第四次忍界大戦から二年。「めんどくせー」が口癖であるシカマルは今や、木ノ葉隠れの里、そして忍連合においても責任ある立場となり重要な仕事を任せられていた。仕事に忙殺される日々が続き、いつしか雲を見ることすら忘れ自分らしさを失っていくシカマル。そしてある日、忍が大量失踪する事件が勃発し、シカマルは自分らしさからは程遠い“暗殺任務”へと赴くことになる。