故事的主题还是围绕着两兄妹在一年战争发生前的故事“夏亚・雪拉篇”为主轴，描述了宇宙世纪0068年位于SIDE3的慕佐自治共和国，该国的议长发表完《完全独立宣言》后直接暴毙，一心想掌握共和国实权的野心家扎比暗中率领更多的扎比家进行着更大阴谋的策划，两个孤儿卡斯巴尔和阿尔黛西亚即将面临一场人生的巨大转变。