宇宙世纪0096年，围绕着拉普拉斯之箱（宇宙世纪宪章的事件）之后的数月，地球联邦军向漂流在地球圈外已经破碎的阿克西斯派遣了调查团。调查团成员中有阿蕾特・阿尔玛吉与丹顿・海雷格两位民间人士。他们曾作为技术人员与测试驾驶员，在吉恩公国与新吉恩任职。潜入了阿克西斯的调查团，在本应该没人的基地内遭到了袭击。无所预料的状况等待着阿蕾特与丹顿两人……